歯科機能形態学分野では、頭頚部を主な研究対象として、神経による骨代謝機構、歯の発生の分子メカニズム、痛覚や味覚に関する神経回路、生体材料の生物親和性などの研究を進めています。
神経による骨代謝調節機構（後藤、岩井、豊留、梶尾、祐徳）
知覚神経におよび関連神経ペプチドに着目し、骨代謝において神経系がどのように骨代謝をコントロールしているかを調べています。
・iPS細胞を使った、骨芽細胞分化過程における神経ペプチド受容体発現とその機能に関する研究
・初代培養系骨芽細胞、破骨細胞を使った各神経ペプチドの作用に関する研究
・ATPによる神経間相互作用に関する研究
脳内神経回路の形態学的研究（倉本、岩井、千堂、山口、吉村）
痛覚や味覚によって生じる、情動、記憶、学習、報酬、および習慣性といった脳の高次機能が、神経回路網の中でどのような作動原理をもって実現されるのか、以下のような形態学的解析法を用いてその解明を目指しています。
・ニューロントレーサーを用いた神経回路の形態学的研究
・ウィルスベクターを用いた単一ニューロン標識法による神経回路の形態学的研究
・組織の透明化を用いた神経回路の機能形態学的研究
歯列のパターン形成を制御する分子メカニズムに関する研究（山中）
歯が顎の中で、正確な位置に、正確な時期に、正確な形態で発生し、歯列という一つの機能単位が形成される発生学的な分子メカニズムの解明を目指し以下の研究を行っています。
・切歯、犬歯、小臼歯、大臼歯の歯種の分化を制御する分子メカニズムを解明する研究
・乳歯が永久歯に交換する様式を制御する分子メカニズムを解明する研究
・歯冠の咬頭が形成される位置を決定する分子メカニズムを解明する研究
・哺乳類の歯の形態がどのように進化してきたのか、歯の発生メカニズムからの解明を目指す進化発生学的研究
口腔インプラントの生体親和性（後藤、小柳）
口腔インプラントは歯科臨床では最近普及しつつある術式ですが、その発展には基礎研究は欠かせません。我々は、他大学と共同研究することによって新たなインプラント材の開発を行うとともに、生体材料と骨や歯肉との接着に関する研究を進めています。
・新規インプラント材に対する骨芽細胞、歯肉上皮細胞を使った生物学的親和性の研究
・生体材料と骨芽細胞の初期接着に関する研究
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